L'etimologia del nome "Borgo Tossignano" può ricollegarsi alla parola "Tuscia", che rievoca una antica gens romana o la vicinanza alla Toscana; oppure può derivare dalla fusione delle parole "Thau" (croce) e "Signum" (segno), per una croce posta sulla sommità del colle, fu fondato nel 1198 da alcuni abitanti di Tossignano.
Sullo sfondo delle guerre fra Guelfi e Ghibellini, gli abitanti di Tossignano videro occupare il paese dagli imolesi, distruggerlo e deportare la popolazione a Fontanelice. Fino al 1500 il paese rimase sotto l' influenza del papato e, per altri due secoli, divenne dominio di vari feudatari; poi Borgo Tossignano ritornò a far parte dello Stato Pontificio fino alla proclamazione del Regno d' Italia.
Si compone di due insediamenti: Borgo, a fondo valle, fu luogo di ritrovamenti villanoviani ed è divenuto capoluogo comunale; Tossignano, sorto attorno ai resti del castello feudale, oggi è la base naturale per scoprire la "Vena del Gesso". Le origini di Tossignano non sono documentate con certezza.
Per molti studiosi esse risalgono al quinto secolo; tuttavia alcuni reperti potrebbero datarle anche in epoche precedenti. Sulle colline di Tossignano sorgeva una rocca fortificata, fatta abbattere da Paolo III Farnese nel 1537.
Attualmente Tossignano è una frazione del Borgo principale, posto alla base del colle.
A Tossignano nacque papa Giovanni X, che rimase sul soglio pontificio tra il 914 e il 928; quando era arcivescovo di Ravenna, intratteneva buoni rapporti con Teodora e molto probabilmente la sua elezione a pontefice fu dovuta a tale circostanza.
Purtroppo il suo pontificato si concluse in modo tragico: in seguito ad un sollevamento, fu deposto, imprigionato e soffocato.
Durante l'ultima guerra Tossignano contò numerosi caduti e fu quasi completamente distrutta. (Cit. da "Atlante Romagnolo" - il Resto del Carlino)