Studioso di fama nazionale, coltivò fin da giovane la passione per la geologia, l'archeologia e le scienze naturali attraverso studi, numerosi viaggi e rilevazioni soprattutto sull' Appennino romagnolo e marchigiano.

Il suo nome è legato in particolare alla pubblicazione dell'articolo 'Intorno alle armi antiche di pietra dura che sono state raccolte nell'Imolese', del 1850, considerato unanimemente il punto di partenza degli studi di preistoria italiana, oltre alla campagna di scavi sul Monte Castellaccio di Imola che permise di investigarne l'insediamento protostorico.

Si tratta a tutt' oggi dell'unico villaggio dell'età del bronzo della penisola italiana scavato integralmente.

Principalmente a lui si deve inoltre la realizzazione a Imola di un Gabinetto di Storia Naturale - costituitosi nel 1857 grazie alla donazione di numerose collezioni naturalistiche e geologiche, fra cui la pregevole collezione Cerchiari, oltre ai reperti frutto delle ricerche dello stesso Scarabelli - divenuto in seguito il Museo di Scienze Naturali che porta il suo nome